水稻生育全程灌排水管理技術，與水稻產量及稻米品質有密切的關係，一般而言秈稻品種較稉稻品種耐旱，臺灣推廣的水稻品種當中以台稉9號最不耐旱，因此栽培過程當中需特別針對品種特性進行灌排水管理。水稻依不同生育階段，所施予的灌排水管理技術不同，在水稻插秧後必須給予長時間的湛水管理，一期作持續的時間約30～35天，二期作則約20～25天，灌水深度為4～6公分，其原因包括：1.一期作插秧後低溫，二期作插秧後高溫，如給予湛水管理，可以有效緩衝環境對水稻生育初期所造成的不利影響。2.有效提供水稻生育所需的水份及養份，使水稻順利生長及分蘗。3.湛水可以造成土壤的還原狀態，土壤中無足量的氧氣，使雜草種子不能獲得足夠能量啟動生命機制，以抑制雜草種子的發芽，達到有效控制雜草之目的。水稻生育初期如因灌水不當或水源不足，致使水稻田常處於排水狀態，將因養份有效性降低，造成水稻養份吸收不足，降低水稻之有效分蘗，進而嚴重影響產量。
窒息病是目前臺灣普遍發生之生理病害，最常發生在二期作生育初期，其原因為一期稻草掩埋不當所致，在湛水情況下造成氧化還原電位急速降低，使土壤中還原過多的有毒物質(例如硫化氫)，致使根系壞死，嚴重影響地上部水稻植株生育甚至死亡。當水稻生育初期發生窒息病時，則必須進行極端的排水管理，將稻田實行充分晒田，使土壤中的有機質因氧氣存在快速分解，並提高氧化還原電位以避免有毒物質產生。晒田持續時間則視窒息病發生的程度而定，當窒息病發生嚴重時，則晒田可持續至臨時萎凋點為止。
一期作約插秧後35～40天，二期作約20～25天，必須力行晒田，使田區充份龜裂，晒田時間可持續一星期，但期間必須注意水稻葉片是否捲屈，當發現時必需立即給予灌水。晒田是水稻有機栽培過程當中非常重要的工作，其原因包括：1.晒田可造成土壤中水份不足，促使水稻根系往下紮根，不僅可以有效預防水稻生育後期倒伏，更可充份利用較深層的土壤養份，有利於水稻後續之生長。2.晒田可以造成水稻水份及養份吸收不足，而產生生育短暫停滯現象，以有效抑制水稻之無效分蘗及植株過度抽高，並加強植株的硬度，以避免水稻生育後期倒伏。3.水稻施行有機栽培，土壤因長期湛水造成過度還原狀態，土壤中可能累積有毒物質，不利於水稻生長，晒田則有利於氧化分解。
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